Образована 18 февраля 1991 года в соответствии с приказом № 53 Главного управления Государственного таможенного контроля СССР. Входит в состав Северо-Западного таможенного управления. Является внутренней таможней, не имеющей пунктов пропуска. Имеет в своем составе 5 таможенных поста в городах Великий Новгород, Боровичи, Старая Русса, Чудово и Пестово. Зона деятельности охватывает Новгородскую область площадью 55,3 тыс. кв.км., расположенную в северо-западной части России и входящую в состав Северо-Западного экономического региона Российской Федерации.